南京航空航天大学金城学院是南京航空航天大学联合社会力量于1999年经原中国航空工业总公司和江苏省教育委员会批准成立的公有民办二级学院，2004年经教育部批准，学校改制为独立学院。
学校所依托的南京航空航天大学是一所具有航空、航天、民航特色，以工为主，工、管、理、经、文、法、艺等多学科协调发展，全国“211工程”建设和建有研究生院的全国重点大学。南京航空航天大学对金城学院的教学质量负责，对学校的办学方向、学科专业建设、师资队伍建设、学生教育管理进行指导和帮助。
学校的办学成果也得到了社会的认可：2010年，南航金城学院获得全国“首届中国创新榜样”荣誉称号和全国“先进独立学院”荣誉称号。2011年11月，南航金城学院获得江苏省“最受欢迎的独立学院”荣誉称号。2012年4月，作为江苏26所独立学院的杰出代表，中国民办教育研究院江苏分院落户南航金城学院。2015年2月，南航金城学院获得江苏省民政厅授予的“5A级社会组织”，是唯一一家获得5A级的全省性民办非企业单位，也是全省第一所获此殊荣的独立学院。2015年5月，南航金城学院被授予“江苏省五一劳动奖状”，这也是迄今为止江苏省第一所被授予此殊荣的独立学院。2017年11月，2017新华教育论坛暨新华网第八届“大国教育之声”颁奖盛典上荣获“2017年度社会影响力独立学院”。